W badaniu stosowane są złożone procedury dotyczące kodowania zadań otwartych, a więc takich, na które uczeń udziela krótkich, pisemnych odpowiedzi. Kodowanie odpowiedzi uczniów polega na przyporządkowywaniu im odpowiedniego kodu, który wskazuje na stopień poprawności odpowiedzi.
Wszystkie kraje uczestniczące w badaniu zobowiązane są do stosowania jednakowych zasad kodowania zadań otwartych z wykorzystaniem opracowanych przez międzynarodowe konsorcjum kluczy kodowych i procedur. Jest to jest szczególnie istotny element badania, od którego zależy możliwość porównywania wyników uczniów między krajami.
W trakcie szkolenia dotyczącego kodowania analizowane były różne możliwe odpowiedzi uczniów, prezentowano przykłady odpowiedzi, po dyskusji wypracowywana została także ostateczna wersja klucza kodowego.
Poszczególne kraje na podstawie międzynarodowego klucza kodowego i materiałów szkoleniowych przygotowują klucze kodowe i materiały dla swojego kraju. Odpowiedzi uczniów są kodowane przez zespoły koderów, którzy muszą posiadać odpowiednie kwalifikacje, a także muszą zostać szczegółowo przeszkoleni.
Jakość i spójność pracy koderów w badaniu weryfikowana jest na różne sposoby, służy temu między innymi obowiązkowe podwójne kodowanie (jednocześnie przez 2 różnych koderów) części odpowiedzi uczniów.
